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內政部於2018年9月19日審議通過交通部鐵道局「台南市區鐵路地下化計畫」東區、北區土地徵收計畫書，調升房屋之重建單價補償標準10~20％，已完成協議價購之建築物，亦將補發差額，市府與交通部鐵道局在徵收公告之前，將仍持續與所有權人協調，請所有權人支持並同意協議價購，台南市府再次呼籲符合申購資格但尚未申購之拆遷戶，不要忽視自身權益，儘速向台南市府都發局申購。

未來台南市藉由鐵路地下化將可消除鐵路沿線9處平交道、8處地下化隧道及5座陸橋(含2座鐵路橋涵)，改善交通阻隔及平交道事故，並新增25~40米南北向公園道，紓解交通瓶頸，縫合都市道路系統及都市發展空間，改善市容景觀及環境生活品質，提昇土地利用價值，增加經濟效益，並消除鐵路沿線兩側地區發展之阻礙，均衡都市發展。

政府興辦各項公共工程，常需透過徵收程序取得用地，進行徵收公聽會或協議價購會時，有民眾反應重建單價需要調整，較符合市場行情。市府為讓拆遷戶獲得更多保障，於2018年9月18日公告調升房屋重建單價，拆遷戶將可提高徵收價格約10~20％，適用範圍含依土地徵收條例第18條規定尚未徵收公告期滿之案件，亦適用鐵路地下化範圍內之建築物。對於本案鐵路地下化已完成協議價購之建築物，將補發差額。另，台南市府與交通部鐵道局在徵收公告之前，將仍持續與所有權人進行協議價購，請所有權人支持同意。

除交通部鐵道局依土地徵收條例第34條之1訂定安置計畫，提供拆遷戶房屋租金補助費及特別救助金外，市府為照顧拆遷戶，訂有「鐵路地下化專案照顧住宅」申購機制，提供拆遷戶以成本價購買、優惠利率及全額貸款。專案照顧住宅位於台南市南台南副都心計畫區內，鄰近台南市文化中心、崇明國中(小)、巴克禮公園、市立醫院，並鄰接鐵路地下化後之南台南車站，區位條件優越，生活機能完善。同時照顧住宅鄰近省道、機場、台86線，且未來附近亦會有捷運通過，並設有捷運站，聯外交通十分便捷。

另行政院賴院長也宣布國家級的國立科學教育體驗未來館將座落於南台南副都心計畫區之15公頃的文教用地內，距離專案照顧住宅僅約300公尺，該館將展示目前最夯的AR、VR、無人自駕車、無人機、無線即時影像通訊，智慧穿載裝置及綠能等主題，展望未來，此地區將成為台南市最精華的文教休閒生活特區，發展未可限量。

台南市府與交通部鐵道局協調採「先建後拆」方式，將照顧住宅先建築完成，讓申購之拆遷戶於入住後才拆除建物，以「無縫接軌」避免影響拆遷戶居住權益。目前拆遷戶申購之照顧住宅已有151戶交屋，並將於下週六召開第一次管理委員會。
 

對於拆遷戶賸餘土地及建物，依「台南市興辦公共設施拆除合法建築物賸餘部分就地整建辦法」及台南市區鐵路地下化計畫辦理都市計畫變更案內容，並提供就地整建、原地新建、合併新建、簡易都更等適度放寬建蔽率及容積獎勵，以減少拆遷戶於協議價購或徵收前、後可建築容積之差異。