赤崁文化園區改造 僅規劃已開發區
「赤崁文化園區」長久以來為台南府城舊城核心，市府在啟動園區改造工程規劃前，即於委託專業團隊辦理「赤崁文化園區規劃案範圍內遺構調查計畫」，期能進一步瞭解這塊蘊藏豐富歷史的區域究竟仍有多少資產深藏其中。
台南市政府指出，此計畫之試掘研究結果與後續處理，可分「史前遺址」與「台灣縣署遺構」兩方面說明。關於「史前遺址」的部分，本次研究於成功國小操場東半部與東北端之5處探坑出土史前文化遺留，姑暫稱「赤崁疑似遺址」，深度約在現有地表下0.7~1公尺之間，但數量不多，文化層並不明顯。
而此地原有可能連續分布的史前遺址，在經年累月的建設下，早已被既有校舍破壞、擾動，為了避免更大的擾動破壞，「赤崁文化園區」的規劃從最初便考量此基地上的多重歷史發展，新的建築量體都僅運用既存校舍早已開發之範圍。
為避免赤崁文化園區的文史資源遭受損害，文資處也參照透地雷達偵測以及歷史圖層套疊結果，於2016年稍早委託中研院於赤嵌樓東北側進行「原普羅民遮城東北稜堡遺構試掘計畫」。此計畫目前已完成田野發掘，待此案接續進行相關資料分析研究後，可更確認其價值，未來並將審慎評估如何進一步研究並予妥善保存。
市府強調，「赤崁文化園區」的改造工程並非為了開發，更不純然著眼於解決舊城停車問題，而更希望擺脫凍結式保存觀念的桎梏，與世界保存趨勢接軌，將國定古蹟赤嵌樓鄰近重要歷史文化元素以更好的規劃予以保存，除卻不合時宜的建物景觀，讓赤嵌樓成為台南的文化資產詮釋中心，這也符合長久以來居民及地方民意的期待。