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針對南科產業發展，有建築開發業者建議台南市政府應向行政院爭取增設高鐵車站，並以不增班次方式分別停靠兩站，既可解決站距過近及營運成本問題，及有助於全市南北均衡發展，減少交通時效的浪費。

業者指出，高速鐵路通車多年，運作已經上軌道，原本有助於縮短南北交通時差，但台南車站設立歸仁沙崙，地點較為偏僻，不僅原台南市民要耗時搭乘接駁車，原南縣溪北民眾從住家往返車站，所花的時間甚至比前往嘉義站還多。

若能增設南科停靠站，並採取不同時段行車，即在班次未增加情況下，讓部分班次停靠沙崙站、其餘班次則停靠南科站，不僅是造福南科員工、廠商，也福及附近居民；盼市府向中央仔細分析南科設高鐵站的利弊得失。

市政府表示，市長賴清德已經很努力為台南市民爭取，希望高鐵能有部分班次從台北直達台南，提高兩地間交通時效，但即使如此都未獲交通部或高鐵局的正面回應，而南科設站需要大筆經費更是不可能。